MOTRA könnte alleine niemals umgesetzt werden. Zu diesem Zweck arbeiten bundesweit eine Reihe von Forschungseinrichtungen zusammen, um ein nachhaltiges und beständiges Monitoring des Phänomens Radikalisierung zu ermöglichen, sowie entsprechende Ergebnisse für die praktische Arbeit nutzbar zu machen. Der MOTRA-Verbund stellt sich zusammen aus: